Sedangkan saat bertemu dengan Australia dalam babak 16 besar, Indonesia menunjukkan permainan yang cukup baik, namun tidak berhasil mendapatkan kemenangan karena kalah dengan skor 0-4 dari Socceroos.
Pada putaran ketiga, tim akan bermain dalam format penyisihan grup kandang tandang dan dimulai pada September 2024 sampai Juni 2025.
Dua tim teratas dari setiap tiga grup (total enam tim) akan langsung lolos ke Piala Dunia 2026 yang akan diikuti oleh 48 tim pada pertandingan yang pertama kali digelar di tiga negara tuan rumah yaitu Amerika Serikat, Kanada, dan Meksiko.
Sedangkan tim peringkat ketiga dan keempat di setiap grup (total enam tim) dari babak grup putaran ketiga akan maju ke babak kualifikasi putaran keempat.
Mereka akan dibagi menjadi dua grup yang terdiri dari tiga tim dengan pertandingan yang akan dimainkan pada bulan Oktober dan November 2025.
Dalam pertandingan tersebut, dua negara teratas dari masing-masing grup selanjutnya akan lolos secara otomatis pada babak kualifikasi.
Sebelumnya, Indonesia telah mencatatkan sejarah berhasil lolos ke putaran ketiga untuk pertama kalinya setelah menjadi runner-up di Grup F dengan 10 poin pada babak kualifikasi sebelumnya.